Osady i zanieczyszczenia nagromadzone w zbiorniku przepompowni są najczęstszym źródłem nieprzyjemnych zapachów. Skąd się one tam wzięły? O tym pisaliśmy niejednokrotnie – ktoś je tam nieopatrznie wrzucił, bądź też wytrąciły się one z twardej wody. Wracając do meritum, zanieczyszczenia te mogą również prowadzić do problemów eksploatacyjnych samej przepompowni, gdyż osadzająca się mieszanina masy organicznej i piasku powoduje cementowanie w strefie przydennej, gdzie ruch cieczy jest spowolniony. Z czasem osad ten twardnieje i powstaje coś w rodzaju skamieliny, która jest niezmiernie trudna do usunięcia nawet za pomocą sprzętu mechanicznego. Głównym jej budulcem jest wspomniany wyżej piasek zlepiony organicznym materiałem takim jak tłuszcze ropopochodne oraz białka.
Drugim problemem jest występowanie osadów ściekowych powyżej normalnej ich powierzchni powstałych ze względu na wahania ich poziomów czy to na skutek technologii pompowania, czy też z powodu ewentualnych awarii, efektem czego jest niekontrolowanie piętrzenie się ścieków. Osady osiadłe na ścianach przepompowni zawierają głównie tłuszcze, które są jednym ze źródeł nieprzyjemnych zapachów. Tłuszcze te odpowiedzialne są również za wadliwe działanie przepompowni na skutek oblepiania.
Negatywnym skutkom zanieczyszczeń przepompowni można przeciwdziałać na wiele sposobów. Najłatwiej wykonać to już na etapie budowy i zastosować materiały o gładkich powierzchniach takich jak tworzywa sztuczne, beton zabezpieczony dodatkowymi powłokami czy też polimerobeton. Na tym etapie należy również zadbać, by kształt dna przepompowni ograniczał martwą przestrzeń do minimum. Inną metodą jest instalacja w zbiorniku przepompowni urządzeń do mieszania ścieków i spłukiwania jej dna. W przypadku braku możliwości zastosowania wyżej wymienionych metod skuteczną, alternatywną metodą jest tradycyjne, okresowe czyszczenie przepompowni sprzętem asenizacyjnym. Warto jednak wiedzieć, że zabieg taki należy wykonywać przynajmniej 2 razy w roku.